Приход к власти Токугава означал также окончание контактов с Западом, которые начались в 1540-х годах с прибытием португальских купцов, которые на целое десятилетие фактически монополизировали торговлю между Китаем и Японией. Корабли португальцев привозили шелк и золото на Кюсю и доставляли серебро обратным рейсом в Аомынь (Макао). К 1600 миссионеры заявляли, что на их счету не менее 300 тыс. новообращенных японцев. География, астрономия, европейская военная наука, техника печати – все это изучалось японцами. За португальцами последовали испанские священники и купцы из Манилы, первая миссия которых появилась в Японии в 1592. В 1600 прибыла малочисленная группа голландцев и один англичанин. В 1609 была основана голландская фактория, а через четыре года – английская.

Нобунага, Хидэёси и Иэясу первоначально считали выгодным доброжелательное отношение к иностранцам, однако вскоре вероисповедание стало казаться потенциальным орудием подрывных действий. Хидэёси издал в 1587 эдикт антихристианской направленности, а в 1597 казнил несколько иностранных священников. Иэясу реагировал сходным образом и, постепенно усиливая свою власть (с 1606), спустя 8 лет объявил о намерении удалить всех миссионеров из страны.

Преследования еще более ужесточились при втором и третьем сёгунах дома Токугава.

Настроения, вызванные гонениями на христиан, распространились и на сферу торговли. В результате английская фактория была заброшена в 1623, испанцы прекратили дела в 1624. Португальцам, постоянно обвинявшимся в предоставлении убежищ священникам и неофитам, было приказано покинуть страну по подозрению в причастности к мятежу, поднятому под руководством местных христиан в Симабара на о.Кюсю в 1637–1638. К этому времени были изданы эдикты, запрещавшие японцам заниматься коммерцией или совершать путешествия за рубеж. Таким образом, примерно с 1640, менее чем через 100 лет после прибытия первых европейцев, начался период добровольной изоляции (сакоку). Нескольким голландским купцам было разрешено остаться в Дэсима в бухте Нагасаки, где их деятельность жестко контролировалась. Китайские торговцы также прибывали в Нагасаки, пользуясь там несколько большей свободой, нежели голландцы. Кроме того, контакты поддерживались с Китаем через о-ва Рюкю и с Кореей через о-ва Цусима. В остальном же Япония оставалась отрезанной от остального мира в политическом, экономическом и культурном отношениях вплоть до 19 в.