В естественном состоянии почвы Японии малоплодородны. Их физические и химические свойства находятся в тесной связи с географическим положением и геоморфологическими условиями. В горах преобладают маломощные почвы, подверженные локальным перемещениям и механическим нарушениям строения почвенного профиля под влиянием землетрясений. На аллювиальных равнинах почвы более высоких террас часто выщелочены и совершенно неплодородны, а более низких террас и пойм – отличаются тяжелым механическим составом и слабо дренированы. Аллофановые почвы на вулканических пеплах в целом малоплодородны, хотя легко поддаются обработке. На Кюсю, Сикоку и на юге Хонсю в условиях субтропического климата формируются желто-красные фераллитные и ферсиаллитные кислые почвы. Буроземы развиты в восточной части центрального Хонсю. В условиях прохладного и влажного климата Хоккайдо и северного Хонсю формируются горные буроземы (под буковыми лесами), пеплово-вулканические многогумусные кислые аллофановые (андосоли) и выщелоченные коричневые почвы. Пятна тощих болотных почв рассредоточены в центральном и северном Хонсю, а также в слабо дренированных местностях западного Хоккайдо.

Для Японии характерна высокая культура земледелия. Широко практикуются террасирование склонов и противоэрозионные мероприятия. Разработана высокоэффективная система внесения удобрений и возделывания почв. Благодаря этому удалось значительно повысить почвенное плодородие во всех районах страны.