В административно-территориальном отношении Япония разделена на 47 префектур. В качестве отдельных префектур выделяются о.Хоккайдо, а на Хонсю – мегаполис Токио и две городские агломерации, Осака и Киото.

В Японии существует развитая система органов местного самоуправления и управления на уровне префектур, городов, поселков и деревень. Во всех этих административно-территориальных единицах раз в четыре года проводятся выборы депутатов в органы самоуправления – собрания соответствующего уровня. На такой же срок избирают префектов, мэров городов и деревенских старост. В компетенцию этих должностных лиц входит созыв собраний на очередные и внеочередные сессии. Кроме того, они имеют право вето по отношению к решениям собраний, досрочного роспуска собраний. Префекты могут быть досрочно смещены премьер-министром, а мэр города и староста деревни – префектом. Высшие должностные лица общей компетенции имеют право приостанавливать исполнение актов центральных органов управления на своей территории. Исполнительные полномочия на местах принадлежат специальным постоянным комиссиям местных собраний. Члены этих комиссий избираются собраниями или назначаются главой администрации с согласия собрания. За деятельностью органов местного самоуправления и управления осуществляется жесткий прямой контроль центральных ведомств. Деятельность полиции, школ, больниц контролируют соответствующие министерства. Финансовая система страны также способствует усилению централизации, поскольку 70% всех налогов поступает в государственный бюджет и лишь 30% остается на местах.