К 1560-м годам старые семьи сюго-даймё лишились власти, перешедшей к новым сеньорам. Некоторые из них контролировали целые провинции и могли самостоятельно бросить вызов Асикага. Первым это сделал Ода Нобунага, правитель части провинции Овари (в окрестностях современной Нагои). В 1568 он захватил Киото и назначил своего кандидата сёгуном. На смену Нобунага пришел военачальник Тоётоми Хидэёси, принявший в конечном счете титул кампаку. Упрочив свое положение на землях, захваченных ранее Нобунага, Хидэёси в дальнейшем распространил свою власть на всю страну. В 1586–1587 удачная кампания против правителя Сацума на юге привела к установлению его господства над всем Кюсю, а в 1590 в результате нападения на Ходзё в Одавара к его владениям был присоединен северо-восток.
Правление Хидэёси было недолгим, частично из-за увлечения планами заморских завоеваний. В 1590, намереваясь вторгнуться в Китай, Хидэёси потребовал от Кореи разрешения провести свою армию через корейскую территорию, однако получил отказ и в 1592 бросил против нее 200-тысячное войско. Развернувшаяся партизанская война и атаки на японские корабли замедлили продвижение вперед. Это дало китайской стороне возможность для встречной интервенции, вынудившей японцев отступить. Вторая военная экспедиция 1597 не слишком преуспела, и после смерти Хидэёси в 1598 войска с Корейского п-ова были выведены.

Наследником Хидэёси оставил своего сына Хидэёри, однако в стране не было общепризнанного преемника. Это открыло путь к власти Токугава Иэясу, сподвижнику Хидэёси. Победив сторонников Хидэёри в битве при Сэкигахара в 1600, Иэясу занялся созданием долговременных институтов управления. Земли были перераспределены, значительная их часть попала в руки рода Токугава и их вассалов. Крупнейшие феодалы были вынуждены согласиться с новыми порядками. В 1603 Иэясу принял титул сёгуна, создав новое бакуфу в своем городе-замке Эдо (современный Токио). Наконец, в 1614–1615 он атаковал и разбил силы Хидэёри в замке Осака. Режим Токугава оставался у власти на протяжении 250 лет.