Миновав середину эпохи Хэйан, Япония начала отходить от китайской модели. В языке изобретение фонетической слоговой азбуки кана открыло путь к более популярным формам прозы, написанной по-японски (пример – Повесть о Гэндзи), и, хотя китайский оставался языком официальных документов, после 12 в. даже исторические хроники иногда записывались по-японски. В искусстве и архитектуре возникли оригинальные национальные формы; особенно это касается живописи в жанре ямато-э, наиболее известными примерами которой служат картины в свитках.

Перемены произошли и в буддизме. Использование простой письменности кана и больший упор на молитву (нэмбуцу), чем на священные писания и ритуал, позволили служителям культа существенно расширить аудиторию. Секта Чистая Земля (Дзёдо), основанная Хонэном (1133–1212), и секта Истинно Чистой Земли (Синсю), созданная его учеником Синраном (1173–1262), в короткие сроки завоевали большое число сторонников. Другая новая секта, названная по имени ее основателя Нитирэна (1222–1282), хотя и менее популярная, носила воинствующе японский характер. К концу эпохи Хэйан уже существовал Ребу (двойной) синто, в котором синтоистские божества рассматривались как местные проявления Будды. Синтоистские храмы все больше переходили под управление буддийских монахов.

Наиболее разительные перемены произошли в политической сфере. Уже семья Фудзивара несколько отдалилась от китайских образцов, используя свой личный авторитет и зависящие от нее учреждения с целью обойти систему групп и советов, существовавшую при Тайхо. С падением Фудзивара этот процесс получил продолжение, способствуя формированию строя, близкого западноевропейскому феодализму.

Растущее богатство буддийских общин, параллельно с постоянным увеличением обрабатываемого клина, привело к тому, что к 12 в. пашня преимущественно была включена в состав свободных от налогообложения огромных частных угодий, называвшихся сёэн; к ним семьи на местах часто причисляли и свои собственные наделы.

Подобное развитие событий ослабило не столько Фудзивара, сколько государственную финансовую систему, поскольку дворяне и буддийские общины, как правило, патронировал сёэн, получая с них доход в обмен на обеспечение их интересов. Перемены сопровождались упадком законности и порядка, что подрывало власть Фудзивара. Местная знать прибегла к найму телохранителей, отряды которых к 10 в. превратились в настоящие частные армии. Большинство этих воинов было связано с сёэн; таким образом начал формироваться класс воинов.